Electrophoretic Mobility Shift Assay

Der Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) dient zum Nachweis von DNA-bindenden Proteinen, beispielsweise Transkriptionsfaktoren.

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Hierbei werden Proteine mit einer DNA-Sequenz (meist aus dem regulatorischen Bereich eines Gens/Promoters/Enhancers) und wenn möglich einem Antikörper für das Protein (dann wird der Assay mit "Supershift" bezeichnet) inkubiert und diese dann auf ein natives Polyacrylamid-Gel aufgetragen. Mittels eines elektrischen Feldes wandern die Protein-DNA-(Antikörper)-Gebilde im Gel entsprechend ihrer Größe, wobei DNA-Protein-Komplexe langsamer wandern als freie DNA.

Aufgrund der (radioaktiv) markierten DNA können die Banden im Gel durch Auflegen eines Röntgenfilms sichtbar gemacht werden. Weiter unten im Gel liegende Banden bzw. Signale deuten auf ungebundene DNA hin, weiter oben liegende auf DNA-Proteinbindung und noch weiter oben liegende Banden auf Bindung des Antikörpers an das Protein. Hierbei dient zur Spezifizierung der Banden nicht nur die DNA und der Antikörper, sondern es kann auch nicht-markierte DNA in unterschiedlicher Menge zum Blockieren aber auch mutierte DNA zum herausfiltern eines spezifischen Signals eingesetzt werden.