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ProteindomäneEine Proteindomäne ist ein Bereich innerhalb der Peptidsequenz eines Proteins, der aufgrund definierter Eigenschaften von seiner Umgebungssequenz unterschieden werden kann. Im Allgemeinen werden funktionelle Domänen und strukturelle Domänen definiert:
Eine Proteindomäne ist eine komplexe gefaltete Einheit einer bestimmten Anordnung von α-Helices und β-Faltblättern. Eine Domäne enthält über 50 Aminosäuren und stellt eine Baueinheit für größere Proteine dar. Die Proteindomäne ist die kleinste Einheit eines Proteins, die eine definierte und unabhängig gefaltete Struktur besitzt. Weiteres empfehlenswertes Fachwissen
Datenbanken zu ProteindomänenPfamPfam beinhaltet die Familien von Proteindomänen. Mit Hilfe bekannter Domänen kann der Benutzer über einem Sequenzvergleich in einem unbekannten Protein auf eine ähnlich Funktion oder eine evolutionäre Verwandtschaft schließen. ProDomProDom enthält Proteindomänen, die von Sequenzen aus SWISS-PROT und TrEMBL stammen. Weiterhin kann die Domänenstruktur eines Proteins graphisch dargestellt werden. SMARTSMART ist die Abkürzung für Simple Modular Architecture Research Tool und ist eine Datenbank über Familien von Proteindomänen. Zu diesen kann der Benutzer Auskunft über Funktion, wichtige Aminosäuren, phylogenetische Entwicklung und der Tertiärstruktur erhalten. CDDCDD steht für Conserved Domain Database und ist eine Datenbank, bei der man Domänen und das dazugehörige Sequenzalignment abfragen kann. Die Einträge sind hier aus Pfam und SMART abgeleitet. HITSMit der HITS-Datenbank kann man Proteindomänen abfragen. InterProÜber die InterPro sind eine Beschreibung der Funktion der Proteinfamilie, Literaturreferenzen und Querverweise abrufbar. Informationen werden dabei durch Integration verschiedener Datenbanken wie PROSITE, PRINTS, Pfam und ProDom zusammengestellt. Identifikation von Domänen2ZIPMit Hilfe von 2ZIP lassen sich Vorhersagen über Leucin-Zipper-Domänen machen. 3DeeDiese Datenbank enthält Definitionen von Proteindomänen. DALI Domain DictionaryDas DALI-Wörterbuch der Domänen macht eine automatische Klassifikation von Proteindomänen auf der Basis von Sequenzübereinstimmungen. Mit diesem Wörterbuch kann der Benutzer 3-D-Proteinstrukturen vergleichen und strukturelle Domänen identifizieren, die sich in zwei verschiedenen Proteinen ähneln, obwohl sich die Sequenzen voneinander unterscheiden. |
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Dieser Artikel basiert auf dem Artikel Proteindomäne aus der freien Enzyklopädie Wikipedia und steht unter der GNU-Lizenz für freie Dokumentation. In der Wikipedia ist eine Liste der Autoren verfügbar. |