Strukturaufklärung

Strukturaufklärung bezeichnet den Prozess, den genauen Aufbau der Moleküle einer chemischen Substanz zu bestimmen. Abhängig davon, ob es sich dabei um "kleine" organische Moleküle oder bioorganische Macromoleküle handelt, wird dabei versucht die genaue Verknüpfung der Atome miteinander oder die räumliche Anordnung von Atomen mit bereits bekanntem Verknüpfungsmuster zu bestimmen.

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"Kleine Moleküle"

Durch die Elementaranalyse lässt sich die Zusammensetzung, das heißt der Anteil von Atomen der einzelnen Elemente an einem Molekül, an einer chemischen Verbindung feststellen. Das reicht bei organischen Molekülen jedoch meist noch nicht aus, um eine Strukturformel des Moleküls zeichnen zu können. Um zusätzliche Informationen über die Topologie des Moleküls zu erhalten, stehen eine Reihe spektroskopischer Methoden zur Verfügung.

Dazu gehören:

• NMR: liefert Information über benachbarte Wasserstoffatome, im Molekül relative Abstände der Wasserstoffatome, sowie begrenzte Information über die Verknüpfung der Atome durch deren chemische Verschiebung
• Massenspektrometrie: Zeigt die Gesamtmasse des Moleküls und abhängig von der eingesetzten Technik die Masse von Fragmenten, in die ein Molekül während der Massenspektrometrie zerfällt.
• Infrarot-Spektroskopie: lässt Rückschlüsse über die Existenz bestimmter funktioneller Gruppen im Molekül zu
• Einkristall-Röntgenstruktur-Analyse: führt zu einem dreidimensionalem Modell aller schwereren Atome (Wasserstoffatome werden nur sehr schlecht abgebildet)

Insbesondere ist es oft nötig die Stereochemie einer neu synthetisierten chiralen Substanz zu bestimmen. Für diese Aufgabe kommen von den oben genannten Spektroskopiemethoden nur die Röntgenstruktur-Analyse und in einigen Fällen die NMR-Spektroskopie in Frage.

Bevor diese Techniken bekannt waren, konnte nur eine relative Stereochemie durch Zurückführen der noch nicht charakterisierten Substanz mittels chemischer Reaktionen auf bereits charakterisierte Substanzen bestimmt werden, dies hatte vor allem für die Konfiguration der Zucker eine große Bedeutung.

Biologische Makromoleküle

Die Strukturauklärung von Proteinen und DNA heutzutage unterscheidet sich von der kleiner Moleküle, da die Primärstruktur, d.h. die Verknüpfung der einzelnen Atome bereits bekannt ist. Das Interesse gilt hier im allgemeinen der Faltung (auch Proteinstruktur), d.h. der genauen räumlichen Anordnung der Atome im Molekül.

Von den oben genannten Techniken werden für die Aufklärung der räumlichen Struktur von Biomacromlekülen nur die Röntgen-Strukturanalyse und NMR eingesetzt.

Für die Röntgenstrukturanalyse ist es nötig, Einkristalle der Biomacromoleküle in ausreichender Größe zu erhalten. Dies ist oft nur mittels vieler unterschiedlicher Kristallationsversuche möglich, oft werden auch gar keine Kristalle erhalten (z.B. weil das Protein flexible Bereiche aufweist). Der Erhalt von Kristallen kann so Monate bis Jahre in Anspruch nehmen. Sind die Kristalle vorhanden, lassen sich jedoch die entsprechenden Strukturen anhand der aufgenommenen Beugungsmuster normalerweiser innerhalb von Tagen oder Wochen erhalten.

Die Strukturaufklärung mittels NMR analysiert die Biomacromoleküle direkt in Lösung. Es muss daher nicht befürchtet werden, dass die erhaltenen Strukturen durch die Einbettung in ein Kristallgitter und die dadurch zusätzlich auf das Molekül einwirkenden Kräfte verfälscht sind. Durch NMR zugänglich sind jedoch nur Atome mit einem magnetischen Moment (einer ungeraden Spinquantenzahl) des Atomkerns. Insbesondere ist dies Wasserstoff und das natürlich in Kohlenstoff zu 1% neben C¹² vorkommende C¹³ und Phosphor P³¹ (in DNA und RNA). Um mehr Informationen, auch über andere Atomarten erhalten zu können müssen Moleküle verwendet werden, in denen NMR-taugliche Isotope wie C¹³ oder N¹⁵ angereichert wurden.

Die Analyse von zwei oder dreidimensionalen NMR-Spektren kann die folgenden Informationen über die Substanz liefern:

• Abstände zwischen zwei Wasserstoff-Atomkernen (Protonen) durch den NOE (Kern-Overhauser-Effekt, NOESY-Spektren)
• Orientierung von N¹⁵-H Bindungen durch dipolare Restkopplungen
• Diederwinkel durch Bestimmung der skalaren Kopplung in eindimensionalen oder COSY Spektren

Proteine

Die Strukturaufklärung ist bei Proteinen von Interesse, da nur bei einer von mehreren möglichen Faltungen das Protein in der Lage ist als ein Enzym zu wirken.

DNA und RNA

Die erste Strukturaufklärung an von DNA geht auf Röntgenstrukturaufklärung durch Rosalind Franklin zurück. Ihre Röntgenbeugungsdiagramme lieferten die wesentlichen Hinweise auf die Struktur der DNA, welche im Jahre 1953 von James Watson und Francis Crick veröffentlicht wurde.

Die erste hochaufgelöste Struktur eines DNA-Duplex in B-Konformation, das sogenannte Dickerson-Dodecamer wurde im Jahre 1981 von Drew, Dickerson et al. veröffentlicht. Die Koordinaten dieses Dodecamers sind in der Brookhaven Protein Data Bank unter dem Kürzel 1BNA zugänglich. Es gilt als ein Prototyp für die Struktur von "normaler" DNA in B Konformation und wurde inzwischen in zahlreichen weiteren Studien verfeinert oder als Referenz verwendet.

Bei der Strukturaufklärung von DNA heute, ist oft die Art der Anlagerung von DNA an ein Protein oder eines organischen Moleküls (z.B. eines Arzneimittels) an die DNA von Interesse. Dies gilt insbesondere für chemisch modifizierte DNA, die in Forschung und Analytik eingesetzt wird. Zudem kann DNA Triplexe, Quatruplexe und Haarnadelstrukturen ausbilden.

Die Strukturelle Vielfalt von RNA ist generell größer, als die von DNA. Das bedeutet, dass RNA in größerem Umfang als DNA komplexe Strukturen ausbildet, wie z.B. in t-RNA oder snRNA.